南通理工学院自建校以来一直注重创新创业教育，以培养高素质地方性应用型创新创业人才为办学目标定位，坚持“创新引领创业、创业带动就业、就业服务产业”的工作理念，确立了“为学生植入创业基因、培育企业家及工匠精神、培养创新创业能力”的创新创业教育目标。多年来，学校以深化创新创业教育改革为契机，以校内创新创业示范基地为依托，以丰富的创新创业活动和实战化的创业实践为载体，不断提高学生的创新精神、创业意识和创新创业能力，以创新引领创业、创业带动就业、就业服务产业，促进学生高质量就业。

2009年，学校投资建设了校内紫琅科技园，2012年，开辟专门区域建设大学生创业示范基地，遵循“求精、求实、求新”的精神，秉承“为学生服务、让学生满意、与青年创客共成长”的服务理念，为大学生创业提供实践平台和孵化服务。基地每年通过自主申报、二级学院推荐、项目论证等程序吸纳优秀大学生创业进入基地进行项目孵化，并为入孵项目免费提供场地、基本办公设施等，共享园区、学校各项资源，提供“一条龙”精准创业孵化服务。学校设置200万创业基金用于开展技术研发，创业项目立项及孵化资助，以创业投资、创业免息贷款、创业奖励三种形式扶持大学生创业。

2015年，按照国家“大众创业、 万众创新”战略部署，学校建设了南通理工学院智慧创谷，内设咖啡吧、书吧、创业工位、路演室、多功能会议室等十大功能区域，实现有线、无限网络全覆盖，以优化创业环境、完善创业服务、培育创业主体为重点，打造集创业培训、创新创业文化交流、创业孵化服务为一体的校内创新创业教育、实践新平台。

2010年，学校被江苏省教育厅评为“江苏省大学生创业示范校”。学校大学生创业示范基地建设也取得显著成果，2013年，被江苏省教育厅评为“江苏省大学生创业示范基地”，2014年，被南通市共青团市委评委“青年创业孵化基地”，2015年，被南通市人社局评为“南通市创业示范基地（孵化基地）”，被江苏省人社厅评为“江苏省创业示范基地（大学生创业园）”。2016年12月，被市科技局认定为“市级众创空间”。2016年5月，创新创业学院被评“江苏省教育工作先进集体”。